Seychellien erikoisen saariryhmän eläimistö ja kasvisto on muotoutunut vuosituhanssien saatossa. Suuri osa saarista on säilytetty luonnonmukaisena, jolloin muille maille tyypillistä eläinten ja kasvien häviämistä sukupuuttoon on ollut vähemmän. Praslinin saarella kasvaa maailman suurin siemen, kuuluisa Coco de Mer -kookospähkinä. Näitä kookospähkinöitä kasvaa ainoastaan Valleé de Main luonnonsuojelualueella, joka on yksi World Heritage -luonnonsuojelukohteista. Siellä on lisäksi 75 Seychelleille tyypillistä endeemistä kasvia; näitä kasveja ei tavata mistään muualta maapallolta!
Saarten tyypillinen eläin on jättiläiskilpikonna, jonka uskotaan eläneen maapallolla ehkä 200 miljoonaa vuotta lähes muuttumattomana. Tätä samaa lajia tavattiin aiemmin kautta koko Tyynenmeren ja intian valtameren, mutta nykyään niitä tavataan enää Galapagos-saarilta ja Seychelleiltä. Aldabran saarella asuvat n. 150 000 yksilöä edustavat 80% koko maapallon jättiliskilpikonnista. Tavallisesti eläin painaa n. 50 kg ja elää 60-90 -vuotiaaksi. Birdin saarella asuvien kilpikonnien iäksi arvioidaan 150 vuotta. Tätä kilpparia ei pidä sekoittaa merikilpikonniin.
Hyönteiset kurissa pitävä vaaleanpunainen tai ruskea gekko on hyvin tavallinen näky. Harvinaisempi ovat vihreät gekot, jotka viihtyvät enimmäkseen lehvästön suojissa. Saarilta löytyy myös muita liskoja ja sammakoita. Jättiläismäiset hedelmälepakot (siipienväli saattaa olla metrin!) läiskyttelevät siipiään öisin luoden eksoottista tunnelmaa. Hyönteisiä saarilla on paljon, mutta suurempaa haittaa niistä ei sisätiloissa ole, jos saatavilla on hyönteismyrkkyä.
Linnusto on lajimääriltään erittäin runsas ja edustaa sekä kaikkia mahdollisia trooppisia lajeja että muuttolintuja pohjoismmasta. Erikoisempia lintuja ova Praslnilla esiintyvä musta papukaija ja sininen kyyhkynen sekä La Diguella asuva paratiisisieppo.
Puhtaasta luonnosta, saariryhmän tärkeimmästä vetovoimatekijästä, yritetään pitää lain ja asetuksien voimalla hyvää huolta, ja esimerkiksi hotellien rakentamiselle asetetaan tiukat ympäristökriteerit. Tästä huolimatta kansainväliset ympäristöjärjestöt huomauttelevat jo raporteissaan kasvavan ympäristörasituksen vaaroista.
Pinnanmuodot
Saaret ovat vedenalaisten harjanteiden huippuja. Osa saarista on graniittipohjaisia, vuoristoisia saaria, osa taas matalia koralliatolleja. Graniittisaaret ovat hyvin vanhoja, n. 40 - 60 000 vuotta ja ylikin. (Vrt. Kanariansaaret, 30 - 15 000 vuotta. ) Seychelleillä ei ole juurikaan kerrostaloja. Maa on luonnonsuojelun edelläkävijä maailmassa, sillä 95 % pinta-alasta on suojeltu. Myös matkailijamääriä rajoitetaan luonnon ylikuormittumisen estämiseksi.